ซากุระ เคียวโกะ ผู้ทุ่มเทให้กับการต่อสู้อันโดดเดี่ยว โทโมเอะ มามิ ผู้ปกป้องเมืองมิกาคิฮาระด้วยใจเปี่ยมคุณธรรม อาเคมิ โฮมุระ ผู้เข้าใกล้ชิดคานาเมะ มาโดกะ อย่างเงียบๆ การต่อสู้ในฐานะสาวน้อยเวทมนตร์ของทั้งสามคมที่ไม่น่าจะมีทางมาข้องเกี่ยวกันได้ ก่อให้เกิดเรื่องราวอีกบทหนึ่ง ซึ่งมีเหตุการณ์ที่เรียกว่า "การล่าสาวน้อยเวทมนตร์" เป็นศูนย์กลางมันคือเหตุการณ์ที่จะแปรเปลี่ยนโชคชะตา ของพวกเธอไป มันคือการเริ่มต้นเรื่องราวสาวน้อยเวทมนตร์อีกคนหนึ่ง

เพื่อความอยู่รอดของมวลมนุษย์ชาติ ทานิคาเสะ นางาเตะ จึงทะยานออกไปในเกราะสีเงินซึกุโมริ!! 1,000ปี ผ่านไปหลังสุริยจักรวาลถูกพวกกาวน่าทำลาย ซิโดเนีย ยานเมล็ดพันธ์ขนาดยักษ์ได้ท่องไปในอวกาศ พร้อมขยายพันธุ์และเพิ่ม จำนวนและเพิ่มจำนวนประชากรมนุษย์ ทานิคาเสะ นางาเตะ เด็กหนุ่มผู้เติบโตมาในชั้นล่างสุดของซิโดเนียนั้นได้กลายเป็นผู้พิทักษ์ฝึกหัด และได้รับอนุญาตให้ขับซึกุโร่ หุ่นรุ่นเก่าที่มีชื่อเสียงในประวัติศาสตร์ บัดนี้การต่อสู้เดิมพันชีวิตของนางาเตะได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว!!